Cambridge Crystallographic Data Centre

Адрес ресурса: ccdc.cam.ac.uk, для скачивания оффлайн версии: https://www.ccdc.cam.ac.uk/support-and-resources/csdsdownloads

Доступ: до 31/12/2020

Вход: авторизация по IP-адресам СФУ, вне корпоративной сети СФУ вход через прокси-сервер;  для скачивания оффлайн версии БД с дополнительным функционалом необходимо получить код активации в библиотеке (т.+7(391)291-27-61, giparfyonova@sfu-kras.ru).

База данных: Электронные ресурсы Кембриджского центра структурных данных (CCDC) включают в себя:

• он-лайн версию Кембриджской базы структурных данных и базы данных о строении неорганических соединений (белее 1 млн структур; с некоторыми ограничениями по поиску последних),
• программное обеспечение (оффлайн версию), которое любой сотрудник СФУ может себе установить, получив код активации. ПО включает в себя  Кембриджскую базу структурных данных с более широкими возможностями поиска соединений, но, кроме нее, еще целый ряд программ. Программы позволяют визуализировать структуры, делать из них рисунки и файлы для трехмерной печати (удобно для использования в учебном процессе), есть модули для химиков, материаловедов, биологов и фармацевтов: предсказание возможности сокристаллизации, образования полиморфов, предсказание формы кристалла и влияние на нее растворителей, поиск структурных аналогов фармацевтических соединений и др. Также есть отдельный пакет программ для молекулярного докинга предполагаемых лекарственных средств в биополимерах и для расшифровки структур из данных порошковой рентгеновской дифракции.

 Модули и ПО CCDC:

1. WebCSD (on-line портал к Кембриджской базе структурных данных) и Relibase+ (on-line портал к базе данных о кристаллическом строении макромолекул) с возможностями сравнительного анализа, записи и хранения отдельных частей;
2. CSD-System, включающая в себя:
   • CSD, ежегодно пополняемая Кембриджская база структурных данных, содержащая информацию о кристаллическом строении органических, элементоорганических и металлорганических соединений);
   • ConQuest, программа поиска структурных данных в CSD, позволяющая производить запись и хранение отдельных записей базы данных;
   • IsoStar, библиотека характеристичных параметров межмолекулярных взаимодействий;
   • Mercury, программа для визуализации и анализа структурных данных;
   • Mogul, программа для валидации геометрии органических, элементорганических и металлорганических соединений.
3. CSD-Enterprise, включающая в себя:
   • DASH, программа определения структуры вещества из данных рентгеновской порошковой дифракции;
   • GOLD, программа молекулярного докинга;
   • SuperStar, программа для предсказания активных центров макромолекул.

Руководство пользователя

2020.0 CSD Release  (December 2019)

Data Updates

In the last year we have seen the released CSD grow to over one million structures for the first time; a huge milestone in structural chemistry. The continued growth in data and the increasing diversity and complexity of new structures means that users can have more confidence in their results and gain even more insights from the database.

This year’s release:

• Takes the CSD to 1,016,168 unique structures (1,034,174 entries)
• Comprises over 60,000 entries new entries
• Includes over 5,000 new CSD Communications
• Targeted enhancements to existing CSD entries
• Read more about this data release

CSD-Discovery

• Further optimisation of our GOLD protein ligand docking software for use in ultra-large docking projects including libraries of tens of millions of compounds, enabling the running of the GOLD docking algorithm using fast settings on cloud deployed computing systems, with automated selection of the best results based on user-defined requirements.

CSD-Materials

• Quick and easy hydrogen-bond likelihood analysis with new H-bond Coordination Quick-View, enabling the quick assessment of the likelihood of H-bond behaviour based on H-bond coordination numbers in the observed structure. Read more.

CSD-System

• The incorporation of Python 3 by default, meaning the CSD Python API is Python 3 enabled straight away at the point of installation and easy to integrate with other key scientific Python packages such as TensorFlow, scikit-learn, matplotlib, pandas and RDKit. Read more.

Product Telemetry

• The implementation of an entirely opt-in Product Telemetry system in our software which is able to capture information about which components have been used and on what kind of operating system, helping us to make better data-driven decisions to inform the direction of our software and ensure maximum value for you as a user. Find out more.

Licensing updates

• The launch of a new licensing system which increases the flexibility of access to CSD data and software. The new system is a modern, secure and regularly updated third-party licensing system which enables both online and offline activation, allows use of any software release with a valid licence, and provides flexibility in length of licence. Read more.